Ежегодно для организации и проведения ЕГЭ в России создаются экзаменационные, предметные и конфликтные комиссии.

Порядок проведения единого государственного экзамена был утвержден приказом Министерства образования и науки РФ от 24 февраля 2009 г.
Контроль за соблюдением установленного порядка проведения ЕГЭ на территории субъекта Российской Федерации осуществляет Государственная экзаменационная комиссия субъекта Российской Федерации (ГЭК), которая включает в себя представителей органов государственной власти субъекта РФ, органов местного самоуправления, общеобразовательных учреждений, образовательных учреждений среднего профессионального и высшего профессионального образования, расположенных на территории субъекта Российской Федерации, их объединений, а также иных организаций.
Персональный состав ГЭК утверждается Рособрнадзором.