Рособрнадзор приказом № 968 от 14 мая 2009 разрешил выпускникам 2009 года заявить и сдать во второй волне (с 7 по 17 июля) ЕГЭ по тем предметам, которые не были заявлены ими ранее в основные сроки с 26 мая по 19 июня.

Прием заявлений должен начаться не позднее 20 июня и закончиться 5 июля. Заявление необходимо подать в вуз или ссуз, в который выпускники планируют поступать, либо в региональный или муниципальный орган управления образованием, в зависимости от организационно-территориальной схемы, принятой в регионе.

Объявления о местах регистрации на сдачу ЕГЭ должны быть размещены на сайте местного органа управления образованием, а также в средствах массовой информации, в которых официально публикуются документы региональных органов государственной власти.

В расписание экзаменов добавлены резервные дни, в которые можно пересдать русский язык и математику тем выпускникам, которые получили на ЕГЭ неудовлетворительный результат по одному из обязательных предметов, а также тем, кто по уважительной причине не смог сдать экзамен вовремя:
17 июля (пятница) — русский язык;
20 июля (понедельник) — математика.